Есть ли любая проблема с тем, чтобы заставлять резервное копирование окон сохранить образы системы где-нибудь на C: диск?

Резервное копирование Вашей системы на том же жестком диске является плохой идеей. Когда Ваш жесткий диск будет поврежден по некоторым причинам, Вы не сможете получить доступ к своим резервным копиям при помещении резервных копий в него. Необходимо сохранить резервные копии на отдельном диске. Никогда не помещайте все свои яйца в одну корзину.