По крайней мере, для документов, созданных непосредственно в Inkscape, Файл>, Битовый массив Экспорта... работает как ожидалось. Если документ имеет прозрачный фон, экспортируемый PNG становится прозрачным. Если это было бело, то PNG становится белым.
Проверьте Файл> Свойства Документа> Page> Фон и проверьте aplpha канал (A). На RGB вкладка установила все значения к 255, включая A.
Проверенный Inkscape 0.47 использования на Ubuntu Linux 10.04.
Если Ваша проблема происходит только на convertion созданного elswhere файлов SVG (не в Inkscape), то необходимо отправить тот файл, таким образом, мы можем испытать его.