Удалить встроенные подзаголовки из .mkv файла?

Используйте MkvToolNix. mkvmerge инструмент может сделать точно, что Вы хотите. Это - очень способный манипулятор Matroska и должно смочь удалить любой вид потока от MKV, не повторно кодируя все другие потоки.

• В Windows загрузите последнюю версию отсюда. Просто запустите установщик.
• На Linux можно найти пакет mkvtoolnix в Вашем репозитории, или альтернативно загружают их с домашней страницы.
• На OS X самый легкий путь состоял бы в том, чтобы установить mkvtoolnix через Домашнее пиво.

Я думаю, что одна из этих команд сделает то, что Вы хотите:

# assume input.mkv has 3 subtitle tracks
# remove subtitle track 2 (copy 1&3) from input.mkv & save to output.mkv
mkvmerge -o output.mkv --subtitle-tracks 1,3 input.mkv

# remove all subtitles (copy none)
mkvmerge -o output.mkv --no-subtitles input.mkv